Základem systému je jeden datový sklad obsahující veškerá dostupná data územně analytických podkladů pro celý Zlínský kraj. Nad datovým skladem existuje aplikační rozhraní, které umožňuje vzdálený přístup k jeho obsahu, zajišťuje veškeré prostředky pro tvorbu a správu dat (vkládání, editace, opatřování
K portálu JUAP existují přesně nadefinované podmínky užití, každý z přistupujících subjektů (jak pořizovatelé územně analytických podkladů, poskytovatelé údajů o území, projektanti územních plánů a orgány veřejné správy, tak i ostatní veřejnost) má přidělené role, které jsou ošetřeny při registraci do systému (jsou mu buď přidělena určitá práva, resp. jejich kombinace), nebo je přeřazen do omezeného režimu pro veřejnost. Portál JUAP byl od počátku koncipován jako nástroj pro pořizovatele územně analytických podkladů obcí s rozšířenou působností s cílem napomoci jim při naplňování povinnosti pořízení těchto územně analytických podkladů a jejich následného zveřejnění (zpřístupnění). Tito pořizovatelé mají tedy nastavena práva nejvyšší a mohou si tedy sami kompletně ovládat a administrovat kompletní obsah územně analytických podkladů pro svá správní území.